Der Lehrstuhl ist durch die Stiftungsprofessur der Fraunhofer-Gesellschaft eng mit dieser verbunden. Insbesondere mit dem 
Entwicklungszentrum Röntgentechnik in Fürth, einer gemeinsamen Abteilung des IIS Erlangen und dem IZFP Saarbrücken
European Synchrotron Radiation Facility
Die Software Gruppe (SciSoft) des Europäischen Synchrotrons E.S.R.F. in Grenoble, Frankreich, entwickelt und wartet unter anderem Software zur Auswertung und Verarbeitung von Röntgen-Tomographie-Daten. Im Rahmen der Zusammenarbeit des Lehrstuhls für Röntgenmirkoskopie der Universität Würzburg mit SciSoft und mit der E.S.R.F. Imaging-Beamline ID19, tauschen Forscher und Studenten beider Forschungseinrichtungen Wissen aus und entwickeln neue Konzepte (z.B. fuer in-situ Messungen).
